Durante la trasmissione della fattura elettronica, può accadere che non vengano superati i controlli formali dello SDI con conseguente "scarto" della fornitura con emissione della "ricevuta di scarto" del file al soggetto trasmittente sul medesimo canale con cui è stato inviato il file al SDI.
La fattura elettronica scartata dal Sistema d'Interscambio, secondo quanto ribadito anche dalla Circolare n.13/E del 02 Luglio 2018 al punto 1.6, viene considerata come non emessa.
In tale caso l'emittente avrà 5 giorni a disposizione per procedere a una nuova trasmissione senza che la fattura possa essere considerata tardivamente emessa mantenendo la medesima numerazione e data. Ove, nel suddetto termine, si proceda alla trasmissione di una fattura regolare che supera i controlli formali dello SDI, non verranno applicate sanzioni relative all'omessa/tardiva fatturazione (art. 1, c. 6, D.lgs. 127/2015).
La mancata emissione della fattura nei termini legislativamente previsti comporta l'applicazione delle sanzioni di cui all'articolo 6 del d.lgs. n. 471 del 1997 ossia, per ciascuna violazione:
- «fra il novanta e il centoottanta per cento dell'imposta relativa all'imponibile non correttamente documentato» con un minimo di 500 euro;
- «da euro 250 a euro 2.000 quando la violazione non ha inciso sulla corretta liquidazione del tributo».
L'Agenzia ha chiarito che si possono applicare anche gli istituti del "concorso di violazioni e continuazione" e del c.d. "ravvedimento operoso".
Va aggiunto che il legislatore, con specifico riferimento al primo periodo di applicazione dell'obbligo di fatturazione elettronica tramite SdI (primo semestre del 2019) ha statuito che le sanzioni individuate nell'articolo 1, comma 6, del d.lgs. n. 127 del 2015:
- non trovano applicazione qualora la fattura elettronica sia regolarmente emessa entro il termine di effettuazione della liquidazione periodica dell'IVA relativa all'operazione documentata;
- sono ridotte dell'80% se la fattura elettronica è emessa entro il termine di effettuazione della liquidazione IVA del periodo successivo, riduzione che si applica sino al 30 settembre 2019 per i soli contribuenti che effettuano la liquidazione periodica dell'imposta con cadenza mensile.